Dans sa position commune, le Conseil a approuvé la plupart des éléments essentiels de la proposition de la Commission. Sur certains points majeurs, cependant, le Conseil a décidé de modifier le texte.
La position commune intègre en totalité 8 amendements adoptés par le Parlement européen en 1ère lecture. En revanche, le Conseil n'a pas pu accepter un certain nombre d'autres amendements soit parce qu’ils n'étaient pas clairs, soit parce qu’ils compromettaient les objectifs du règlement en matière de sécurité. Plusieurs amendements relatifs au budget et à la gouvernance de l'Agence ont également été rejetés.
Pour l'essentiel, les modifications introduites par le Conseil concernent les points suivants :
Exigences essentielles pour l'octroi de licences, les opérations aériennes et les aéronefs de pays tiers : le dispositif du règlement ainsi que certains considérants ont été modifiés afin de dissiper les inquiétudes des États membres concernant : i) les incidences, en termes de sécurité, des exigences essentielles proposées, notamment en ce qui concerne la licence de pilote de loisir ; ii) le contenu des règles à appliquer aux opérations non commerciales effectuées dans la Communauté par des opérateurs de pays tiers; et iii) les circonstances dans lesquelles un médecin généraliste peut intervenir à titre d'examinateur aéromédical, dans le respect des réglementations nationales.
Organismes d'évaluation : ceux-ci devaient se voir accorder des privilèges pour la délivrance de différents agréments reconnus dans la Communauté, en particulier dans le domaine de l'octroi de licences. Après discussions, cette disposition a été supprimée de la proposition, étant entendu que cette suppression n'empêche pas les États membres qui le souhaitent d'accorder ces privilèges aux organismes installés sur leur territoire.
Nouvelles tâches de certification de l'agence : le Conseil a réduit le nombre de nouvelles tâches de certification confiées à l'Agence. Tout en reconnaissant que, de par la nature même de la certification de navigabilité, les avantages d'une certification AESA sont évidents, les États membres n'ont pu dégager d'accord sur l'opportunité de confier à l'Agence de nouvelles tâches de certification dans le domaine des opérations et de l'octroi de licences. En conséquence, les nouvelles tâches de certification sont limitées à la certification des opérateurs de pays tiers opérant des vols à destination et en provenance de la Communauté et à l'agrément d'organismes installés hors du territoire des États membres.
Élaboration de réglementations : les tâches de l'Agence en matière réglementaire sont étendues afin de couvrir les nouvelles compétences dans les domaines visés par la proposition de la Commission, à savoir les opérations aériennes, l'octroi de licences et les aéronefs de pays tiers. Pour ce qui est de l'élaboration de réglementations pour les opérateurs de pays tiers, un nouvel article a été ajouté afin de préciser les obligations auxquelles les opérateurs de pays tiers utilisant des aéroports communautaires doivent se soumettre.
Gouvernance : la Commission a proposé plusieurs modifications des dispositions relatives à la gouvernance de l'AESA, notamment la composition du conseil d'administration, pour lequel il est suggéré d'augmenter le nombre de voix dont dispose la Commission et de conférer au Conseil le pouvoir de nommer les représentants des États membres. En outre, la Commission a proposé de créer un comité exécutif, qui serait un organe préparatoire du conseil d'administration. Le Conseil rejette ces modifications, car il estime qu'elles interfèreraient avec l'obligation de rendre compte à laquelle sont soumises les agences européennes. Toutefois, le Conseil a maintenu la proposition de la Commission visant à donner aux parties intéressées le statut d'observateur au sein du conseil d'administration et a prévu des instances spéciales, rattachées au conseil d'administration, pour assister celui-ci dans l'exercice de ses fonctions.
Enfin, les annexes de la proposition, qui énoncent les exigences essentielles applicables dans le domaine des opérations aériennes et de l'octroi de licences, ont été précisées et des modifications mineures ont été apportées à l'annexe III s'agissant des exigences relatives aux compétences pratiques des pilotes (afin de prendre en compte les dernières évolutions intervenues au niveau de l'OACI) et aux compétences linguistiques. Toutefois, le Conseil approuve totalement les grandes lignes des exigences essentielles et la proposition technique figurant dans l'avis de l'Agence a été pleinement respectée.