En adoptant sa position commune, le Conseil a pu approuver la plupart des principaux éléments de la proposition de la Commission. Sur certains points majeurs, cependant, il a décidé de modifier le texte. Pour l'essentiel, ces modifications visent à préciser sans équivoque les responsabilités des autorités des États membres chargées de l'octroi des licences ainsi que les compétences respectives de la Communauté et des États membres pour ce qui est des relations avec les pays tiers, et à garantir un juste équilibre entre la surveillance des transporteurs et le souci de ne pas imposer des exigences excessives. À cet égard, l'étude d'impact réalisée par la Commission a été dûment prise en compte.
Le Conseil a accepté intégralement 20 amendements proposés par le Parlement en 1ère lecture. En particulier, les amendements couvrant les règles relatives à la répartition du trafic et au respect de la législation sociale, ont fait l'objet de négociations longues et difficiles au sein du Conseil. Ils ont été approuvés dans le cadre d'un compromis avec le Parlement, dont le Conseil espère qu'il servira de base à un accord global en 2ème lecture.
Les principales modifications à la proposition de la Commission introduites par le Conseil sont les suivantes :
Définitions : le Conseil a sensiblement modifié les définitions afin de préciser plus clairement que l'autorité de l'État membre chargée de la surveillance de l'opérateur en matière de sécurité est également responsable de l'octroi de la licence d'exploitation à celui-ci.
Affrètement d'aéronefs avec équipage : le Conseil a estimé qu'il était possible d'atteindre un meilleur équilibre entre la nécessité de surveiller de près la santé financière des compagnies aériennes et le souci de ne pas surcharger les opérateurs d'obligations administratives qui ne contribueraient pas à renforcer la protection du consommateur. À cet égard, quelques modifications ont été apportées dans le but de permettre aux opérateurs d'affréter des aéronefs avec équipage. La position commune énonce toutefois des conditions strictes pour l'affrètement avec équipage d'aéronefs non communautaires (dont la surveillance en matière de sécurité n'est pas soumise aux normes communautaires).
Dimension internationale du marché communautaire de l'aviation: le Conseil a supprimé certains paragraphes qui, selon lui, n'étaient pas compatibles avec les compétences respectives des États membres et de la Communauté. Il a également précisé que les États membres conservent le droit d'imposer des restrictions portant sur les accords de partage des codes entre les transporteurs aériens communautaires et les transporteurs d'un pays tiers si le pays tiers concerné limite les possibilités commerciales offertes aux transporteurs aériens communautaires.
Service public : le Conseil a simplifié certaines règles et procédures relatives à l'imposition des obligations de service public et il a apporté d'autres modifications à ces dispositions pour garantir leur conformité aux objectifs qui sous-tendent le recours aux obligations de service public.
Restriction des droits de trafic : un article nouveau a été inséré dans la position commune, qui permet aux États membres de prendre des mesures pour limiter l'exercice des droits de trafic lorsqu'il existe des problèmes graves en matière d'environnement.
Règles sur la répartition du trafic: le Conseil a renforcé le principe selon lequel les aéroports faisant partie des systèmes aéroportuaires sont, dans l'intérêt des passagers, desservis par une infrastructure de transport suffisante.
Transparence des tarifs : le Conseil a élargi le champ d'application des règles sur la transparence de la tarification afin d'inclure tous les vols au départ des aéroports communautaires (quelle que soit leur destination). Tous les tarifs des billets pour ces vols devront être publiés, y compris les taxes, redevances et droits.