La position commune reprend intégralement, en partie ou dans leur principe, un certain nombre des amendements adoptés en première lecture par le Parlement européen. Les principales modifications apportées à la proposition initiale sont les suivantes :
Date de début et champ d'application du système : le Conseil, suivant en cela le Parlement européen, a rejeté l'approche en deux temps proposée par la Commission et a opté pour que tous les vols soient pris en compte dans le système à la même date. Contrairement à la Commission et au Parlement européen, qui suggéraient tous deux 2011 comme date de début, le Conseil a décidé qu'un report d'un an, c'est-à-dire jusqu'en 2012.
Allocation : rejoignant le Parlement européen, le Conseil estime que l'allocation des quotas revêt une importance capitale pour le fonctionnement du système. À cet égard, il a introduit des modifications visant à en rapprocher le contenu de l'esprit de certains amendements du Parlement, sans pour autant les intégrer littéralement dans le texte de la position commune. Le Conseil a maintenu le plafond de 100% des émissions historiques, comme le prévoyait la proposition de la Commission. Il a aussi introduit la possibilité d'une réduction ultérieure dans le cadre du réexamen de l'application de la directive en relation avec les activités aériennes qui doit avoir lieu d'ici 2015. Le Conseil a approuvé le mécanisme d'allocation choisi par la Commission. Il a cependant légèrement adapté le référentiel, modifiant la charge utile (qui est portée à 110 kg par passager et ses bagages enregistrés) ainsi que la distance (la distance orthodromique est augmentée de 95 km), qui sont utilisées pour calculer l'activité aérienne de chaque exploitant d'aéronef.
Proportion de quotas mis aux enchères : le Conseil a rejeté la proposition de la Commission de faire correspondre cette proportion au pourcentage moyen proposé par les États membres, en ce compris les quotas mis aux enchères au sein de leurs plans nationaux d'allocation. Il a opté plutôt pour un pourcentage fixe de 10%. Le Conseil a aussi introduit la possibilité de revoir ce pourcentage à la hausse dans le cadre du réexamen global de la directive établissant un système d'échange de quotas d'émission. La position commune reprend ainsi l'esprit général de l’amendement du Parlement puisqu'elle reconnaît qu'il est souhaitable de prévoir une augmentation (progressive) du pourcentage mis aux enchères.
Utilisation du produit de la mise aux enchères : la position adoptée par le Conseil diffère légèrement tant du texte de la Commission que de celui du Parlement européen. Selon la position commune, c'est aux États membres qu'il appartient de décider de l'usage qui est fait de ces recettes. Ces recettes devraient servir à faire face au changement climatique dans l'UE et dans les pays tiers et à couvrir les coûts de gestion du système.
Une des principales modifications introduites par le Conseil consiste en la création d'une réserve spéciale pour les nouveaux exploitants ou pour les exploitants d'aéronefs en croissance rapide. Un pourcentage fixe (3%) des quotas serait réservé pour être alloué aux exploitants d'aéronefs remplissant les conditions requises, sur la base d'un système de référence similaire à celui qui est appliqué pour l'allocation initiale. Pour compenser les éventuelles distorsions du marché, le Conseil a prévu que l'allocation de quotas au titre de la réserve spéciale aurait un caractère non récurrent. Il a également inséré une disposition selon laquelle l'allocation annuelle par tonne-kilomètre ainsi attribuée aux exploitants d'aéronefs qui remplissent les conditions ne peut être supérieure à l'allocation annuelle par tonne-kilomètre accordée aux exploitants d'aéronefs au titre du système d'allocation principal.
Exemptions : le Conseil a pris en considération les amendements du Parlement. Il a décidé de ne pas exempter les vols des chefs d'État de l'UE de l'application du système, mais d'inclure des exemptions pour les vols de recherche et de sauvetage, les vols de lutte contre le feu, les vols humanitaires ainsi que les vols médicaux d'urgence. Sont en outre exemptés les vols effectués exclusivement aux fins de contrôles, d'essais ou de certification d'aéronefs ou d'équipements qu'ils soient aéroportés ou au sol.
Clause « de minimis »: la position commune a inséré une exemption supplémentaire prenant la forme d'une clause « de minimis » selon laquelle sont exemptés les vols réalisés par un transporteur aérien commercial effectuant pendant trois périodes consécutives de quatre mois moins de 243 vols par période. Le Conseil a couplé cette exemption à une définition des termes « transporteur aérien commercial » ainsi qu'à un considérant visant à éviter des charges administratives disproportionnées aux exploitants assurant des niveaux de trafic très faibles.
Régions ultrapériphériques : suivant le Parlement européen, le Conseil a tenu compte des besoins spécifiques des régions ultrapériphériques. La position commune exempte du système les vols effectués dans le cadre d'obligations de service public imposées aux liaisons au sein des régions ultrapériphériques ou aux liaisons dont la capacité offerte ne dépasse pas 30.000 sièges par an.
Autres questions: un nouvel article impose aux États membres l'obligation supplémentaire de veiller à ce que les exploitants d'aéronefs soumettent à l'autorité compétente concernée des programmes de suivi et de notification énonçant les mesures relatives au suivi et à la notification des émissions et des données relatives aux tonnes-kilomètre nécessaires pour les demandes de quotas.
Sanctions : la position commune permet à l'État membre responsable de demander à la Commission d'imposer une interdiction d'exploitation au niveau communautaire à l'encontre de l'exploitant d'aéronef qui ne se conforme pas aux exigences de la directive.
Échange de quotas : le Conseil a modifié la proposition de la Commission sur la question de l'échange de quotas et de leur utilisation ultérieure dans le cadre du respect d'engagements internationaux. Il a opté pour un système « semi-ouvert » et supprimé la disposition de la proposition de la Commission qui aurait permis aux exploitants d'aéronefs d'échanger leur quota contre un quota qui peut être utilisé par d'autres exploitants.
Adaptation de la directive : le Conseil a modifié substantiellement le texte, qui précise désormais les procédures institutionnelles auxquelles la Commission peut recourir pour adapter ou modifier la directive après avoir consulté un pays tiers ou conclu un nouvel accord avec un pays tiers. Un certain nombre de points ont été ajoutés à la clause de réexamen.