Le 8 juillet 2008, le Parlement européen a adopté en session plénière un compromis comportant 30 amendements qui avait été mis au point avec le Conseil dans la perspective d’un accord en 2ème lecture. La Commission accepte tous ces amendements, étant donné qu'ils sont conformes à l'objectif global et aux caractéristiques générales de la proposition. Ces amendements concernent pour l’essentiel les aspects suivants:
La Commission prend acte de l’accord conclu entre le Conseil et le Parlement concernant la possibilité d’augmenter les pourcentages de quotas mis aux enchères à compter de 2013 dans le cadre du réexamen du système communautaire d'échange de quotas d'émission de gaz à effet de serre (SCEQE), tandis que la position de la Commission est exposée dans le document COM(2008)0016 relatif à la proposition de directive du Parlement européen et du Conseil modifiant la directive 2003/87/CE afin d’améliorer et d’étendre le système communautaire d’échange de quotas d’émission de gaz à effet de serre (voir COD/2008/0013).
La Commission maintient sa position selon laquelle le pourcentage de quotas mis aux enchères dans le secteur de l’aviation doit être de 20% en 2013.