Le Conseil a arrêté sa position commune à l’unanimité sous la forme d'une refonte du règlement (CE) n° 1228/2003 (l’acte législatif actuel sera donc abrogé). Dans la mesure du possible, le Conseil a suivi l'approche de la Commission qui consiste à traiter de la même manière les secteurs du gaz et de l'électricité.
En ce qui concerne les 32 amendements adoptés par le Parlement européen en 1ère lecture, le Conseil a suivi la Commission en acceptant, en totalité ou partiellement, 7 amendements et en rejetant 6 autres amendements.
S’agissant des amendements du Parlement pour lesquels le Conseil s'est écarté de la position de la Commission, le Conseil a accepté en partie un amendement et en a rejeté 18.
Le Conseil a également introduit les modifications suivantes à la proposition de la Commission :
Certification des gestionnaires de réseau de transport : le Conseil a transféré la partie de la procédure de certification qui définit le rôle de la Commission dans cette procédure de la directive « électricité » au nouveau règlement.
Établissement et modification des codes de réseau : la position commune définit plus en détail la procédure relative à l'établissement de codes de réseau et prévoit une autre procédure - plus courte - concernant la modification desdits codes. Elle définit en outre le rôle de l'Agence, qui devrait avoir pour mission d'élaborer des orientations-cadres non contraignantes destinées à servir de base pour les codes de réseau qui seront établis par le réseau européen de gestionnaires de réseau de transport pour l'électricité (REGRT), de réexaminer les projets de codes de réseau et d'évaluer les modifications proposées auxdits codes. Le cas échéant, la Commission peut adopter ces codes en recourant à la procédure de comité, afin de les rendre contraignants.
Contrôle exercé par l'agence : deux nouveaux paragraphes définissent le rôle dévolu à l'Agence en ce qui concerne le contrôle de la mise en œuvre, par le REGRT, des codes de réseau.
Dérogations pour les nouvelles interconnexions : en ce qui concerne l'octroi de dérogations pour les nouvelles interconnexions entre États membres, il ne convient de faire appel à l'Agence que dans les cas où les autorités de régulation nationales concernées ne parviennent pas à un accord ou si celles-ci adressent une demande conjointe à l'Agence. En outre, les États membres devraient avoir la possibilité de prévoir, s'ils le souhaitent, que la décision formelle relative à la dérogation soit prise par une autre instance compétente de l'État membre, sur la base de l'avis du régulateur.
Marchés de détail : le Conseil a supprimé la référence à l'accès transfrontalier et l’a transférée du règlement vers la directive « électricité ».
Autres points : le Conseil estime qu'il convient d'utiliser les termes « plan de développement du réseau » plutôt que « plan d'investissement » et de préciser que ces plans revêtent un caractère non contraignant.