Le Parlement européen a adopté 85 amendements à la proposition de la Commission. Le Conseil peut accepter plus de la moitié (44) de ces amendements et les a donc inclus dans sa position en première lecture (dans leur intégralité, en partie ou dans leur principe). La position du Conseil en première lecture comprend aussi un certain nombre d'autres modifications que celles que le Parlement européen a envisagées dans son avis en première lecture.
Les amendements du Parlement repris dans la position du Conseil en première lecture, concernent les points suivants :
Amendements du PE non repris dans la position du Conseil en première lecture : le Conseil n'a pas accepté 41 amendements soit parce qu'il n'est pas certain qu'ils apportaient une valeur ajoutée, soit parce qu'ils n'étaient pas cohérents avec d'autres parties de sa position en première lecture.
En particulier, le Conseil n'a pas accepté un amendement qui retarderait, dans certains cas, le rapport annuel des exploitants. Il estime également : que le délai de quatre mois pour mettre un rapport d'inspection à la disposition du public est trop long ; que des lignes directrices de la Commission sont plus appropriées que des critères contraignants pour développer et appliquer les techniques émergentes.
Le Conseil considère en outre seules les dispositions techniques des annexes devraient être modifiées au moyen d'actes délégués. Il estime en particulier que la procédure législative ordinaire est la procédure appropriée pour modifier les valeurs limites d'émission. Dans cet esprit, il n’a pas accepté l'amendement qui aurait permis de fixer des valeurs limites d'émission contraignantes par l'intermédiaire de la comitologie.
Autres modifications reprises dans la position du Conseil en première lecture : les modifications de fond par rapport à la proposition initiale de la Commission portent principalement sur: a) le champ d'application de la directive; b) la procédure d'adoption des documents de référence MTD; et c) les installations de combustion.
Champ d'application : la proposition initiale de la Commission aurait élargi le champ d'application de la directive en abaissant certains seuils et en incluant dans l'annexe I certaines activités qui n'étaient pas couvertes auparavant par le régime IPPC. Le Conseil a annulé ces dispositions en particulier en ce qui concerne les seuils pour les installations de combustion et pour l'agriculture intensive ainsi que l'exigence visant à baser l'épandage de fumier sur les MTD. Le Conseil a préféré insérer une clause de réexamen. Il a également inclus un seuil de minimis de 15 mégawatts pour le calcul de la puissance thermique nominale totale des installations de combustion soumises au chapitre III.
Adoption de conclusions sur les documents de référence MTD et sur les MTD: la position du Conseil en première lecture prévoit l'adoption de décisions (par la procédure de réglementation) concernant les conclusions sur les MTD qui contiennent les principaux éléments des documents de référence MTD. Cela permettrait d'assurer la participation de tous les États membres à la procédure d'adoption.
Installations de combustion : la position du Conseil en première lecture s'écarte de la proposition initiale de la Commission sur trois points principaux :
1°) la date d'application des normes aux nouvelles installations de combustion serait deux ans après l'entrée en vigueur plutôt que le 1er janvier 2016, étant donné que l'application immédiate des MTD actuelles, définies en 2006, ne poserait aucun problème aux nouvelles installations.
2°) afin de tenir compte de certaines conditions locales, des coûts dans certaines circonstances spécifiques et des risques en matière de sécurité des approvisionnements énergétiques, le Conseil a ajouté un certain nombre de dérogations pour les installations de combustion, afin d'apporter plus de souplesse:
3°) la position du Conseil en première lecture introduit également une clause de réexamen pour certains installations de combustion spécifiques et prévoit que les valeurs limites d'émission existantes au titre de la directive 2001/80/CE continueront de s'appliquer dans l'attente de l'éventuelle adoption de nouvelles normes par la procédure législative ordinaire.
Autres modifications : les autorités compétentes auraient cinq ans pour réexaminer les autorisations (au lieu de quatre) après la publication d'une décision concernant les conclusions sur les MTD.
Le texte inclut quelques exigences supplémentaires afin d'éviter la pollution des eaux souterraines, mais accorde également une plus grande souplesse pour les rapports de base et les fermetures de site.
Afin de garantir la proportionnalité et de veiller à un niveau élevé de protection de l'environnement, l'article relatif aux inspections environnementales prévoit que l'intervalle entre deux visites d'un site soit basé sur une évaluation systématique des risques environnementaux que présentent les installations tout en définissant également une fréquence minimale des visites.