La Commission a accepté intégralement, en partie ou dans leur principe 47 des 85 amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture. Sur ces 47 amendements, 32 sont pris en considération, tout au moins partiellement, dans la position adoptée par le Conseil en première lecture.
La Commission a accepté, intégralement, en partie ou dans leur principe, les amendements qui clarifient le contexte de la proposition et concourent à son objectif général. Il s'agit notamment des modifications apportées aux dispositions concernant l'information du public, en accord avec l'approche adoptée dans la proposition de la Commission pour accroître la transparence en ce qui concerne la délivrance des autorisations, le contrôle de l'application et le respect des dispositions.
La Commission a rejeté les amendements qui auraient dénaturé la proposition, notamment ceux qui auraient restreint le champ d'application des dispositions fixant des exigences minimales pour les grandes installations de combustion. Elle a également rejeté les amendements qui auraient été source de confusion juridique, qui auraient créé des difficultés de mise en œuvre ou qui étaient incompatibles avec les éléments fondamentaux de la proposition.
La Commission a rejeté 12 amendements qui ont néanmoins été intégrés en totalité, en partie ou dans leur principe dans la position du Conseil en première lecture. Ces amendements concernent la protection du sol, la surveillance du sol et la surveillance des eaux souterraines, la fixation des valeurs limites d'émission, l'information du public sur les écarts par rapport aux niveaux d'émission associés aux MTD, la suppression des dispositions concernant la participation du public à l'adoption des prescriptions générales contraignantes, l'élevage intensif de volailles, le champ d'application pour les activités céramiques et l'augmentation des valeurs limites d'émission de NOx pour certaines grandes installations de combustion.
En outre, 15 amendements acceptés intégralement, en partie ou dans leur principe par la Commission n'ont pas été intégrés dans la position du Conseil en première lecture. Ils concernent le langage utilisé dans les considérants, les rapports relatifs au respect des conditions d'autorisation, l'information de l'autorité compétente en cas de cessation des activités, les rapports d'inspection, la définition du public concerné, les nouvelles techniques, la surveillance, l'information du public, la modification des annexes, la fixation de nouvelles exigences minimales supplémentaires par la procédure du comité de réglementation et la définition d'orientations concernant l'élevage intensif de volailles.
Enfin 26 amendements ont été rejetés par les deux institutions.
Les principales modifications que le Conseil a apportées à la proposition de la Commission sont les suivantes:
Échanges d'informations sur les meilleures techniques disponibles (MTD) : la position du Conseil en première lecture maintient le principe de l'échange d'informations et le contenu de ce dernier tels qu'ils étaient proposés par la Commission, mais elle ajoute des dispositions concernant le rôle du forum, et fournit davantage de précisions sur la procédure d'établissement des documents de référence sur les MTD et sur le contenu de ces documents. La Commission approuve l'ajout de ces dispositions supplémentaires mais déplore toutefois que le texte du Conseil permette l'adoption d'orientations non contraignantes par la procédure du comité de réglementation, car le traité confère à la Commission le droit autonome d'adopter elle-même ces documents. Les dispositions de la position du Conseil en première lecture ne sauraient remettre en question ce droit.
Procédure pour l'adoption des conclusions MTD : le Conseil prévoit l'adoption des conclusions MTD (partie des documents de référence sur les MTD définissant en particulier les niveaux d'émission associés aux MTD) par une procédure de réglementation (article 291 du TFUE). Pourtant, lors de l'accord politique au Conseil, la procédure de réglementation avec contrôle avait été proposée. La Commission ne partage pas l'avis du Conseil selon lequel l'article 291 du TFUE est la base juridique la plus appropriée pour l'adoption des mesures prévues à l'article 13, paragraphe 5. Il s'agit de mesures de portée générale qui visent à compléter l'acte de base par l'ajout de certains éléments non essentiels. En conséquence, leur adoption devrait relever de la procédure des actes délégués (article 290 du TFUE).
Valeurs limites d'émission et niveaux d'émission associés aux MTD : le Conseil laisse une plus grande marge de manœuvre aux autorités compétentes pour fixer les valeurs limites d'émission tout en veillant à ce que les émissions ne dépassent pas les niveaux d'émission associés aux MTD qui sont définis dans les conclusions MTD. La Commission déplore ces changements, mais elle peut accepter cette approche étant donné que les sauvegardes nécessaires ont été prévues sous la forme de dispositions relatives à la surveillance et à la communication des informations, afin de garantir le respect des objectifs environnementaux visés. La Commission regrette que la possibilité de spécifier les critères pour l’octroi de dérogations par la procédure du comité de réglementation ait été remplacée par l'élaboration d'orientations. Toutefois, afin de parvenir à un accord, la Commission peut accepter cette approche.
Détermination des compétences à conférer à la Commission (règles applicables aux installations de combustion et surveillance de certaines émissions provenant des installations d'incinération des déchets) : la Commission ne partage pas le point de vue du Conseil selon lequel l'article 291du TFUE est la base juridique la plus appropriée pour l'adoption des mesures prévues àl'article 41 et à l'article 48, paragraphe 5. Ces mesures sont de portée générale et visent àcompléter l'acte de base par l'ajout de certains éléments non essentiels. En conséquence, leuradoption devrait relever de la procédure des actes délégués (article 290 du TFUE).
Réexamen des autorisations : le Conseil maintient l'obligation faite aux autorités compétentes, dans la proposition, de réexaminer et si nécessaire d'actualiser les conditions d'autorisation après la publication d'une décision concernant les conclusions MTD. Toutefois, le Conseil porte de quatre à cinq jours le délai imparti à compter de cette publication. La Commission regrette cette modification mais elle peut l'accepter.
Protection du sol : le texte inclut dans les conditions d'autorisation des exigences supplémentaires visant à empêcher la contamination du sol et des eaux souterraines. L'approche consistant à fixer des fréquences minimales pour la surveillance du sol et des eaux souterraines est maintenue, mais les autorités compétentes peuvent décider de réduire la fréquence de surveillance, en fonction des résultats d'une évaluation systématique du risque de contamination. Le Conseil maintient les dispositions concernant l'établissement de rapports de base et les exigences requises lors de la cessation des activités, tout en introduisant davantage de souplesse pour la mise en œuvre de ces dispositions. Bien que la Commission eût préféré s'en tenir à sa proposition initiale, elle juge les modifications acceptables.
Inspections : la position du Conseil en première lecture reprend l'approche de la proposition en y apportant les principales modifications suivantes: l'intervalle entre deux visites du site d'une installation doit être déterminé à partir d'une évaluation systématique des risques environnementaux. Cette fréquence de visite ne peut pas dépasser un an dans le cas des installations qui présentent les plus grands risques et trois ans dans le cas des installations présentant les risques les plus faibles. La Commission juge cette disposition utile. Tout en déplorant la suppression de la procédure du comité de réglementation pour la fixation des critères relatifs à l'évaluation des risques, la Commission juge appropriés les critères définis dans la position du Conseil en première lecture.
Date d'application pour les nouvelles grandes installations de combustion : le Conseil avance la date d'application des normes pour les nouvelles grandes installations de combustion, de 2016 à deux ans après la date d'entrée en vigueur de la directive. La Commission approuve cette date.
Dispositions transitoires pour les grandes installations de combustion existantes : le Conseil introduit des dispositions transitoires ainsi qu’une dérogation possible aux valeurs limites d'émission révisées pour certains types d'installation. La Commission aurait préféré que ces dérogations ne soient pas introduites, mais elle peut accepter ces dispositions qui visent à parvenir à un accord car il s'agit de dérogations provisoires qui préservent l'intégrité environnementale de la proposition et qui par ailleurs soutiennent les États membres dans leurs efforts pour mettre les grandes installations de combustion en conformité avec les MDT dans les meilleurs délais.
Exigences spécifiques pour certaines grandes installations de combustion : le texte fixe des valeurs limites d'émission différentes pour les installations qui sont exploitées durant un nombre d'heures limité (pas plus de 1.500 heures par an) et introduit des taux minimaux de désulfuration pour les installations qui ne sont pas en mesure de respecter les valeurs limites d'émission pour le SO2 même en appliquant les MTD en raison des caractéristiques spécifiques des combustibles solides utilisés. La Commission juge ces dispositions utiles et justifiées.
Règles de cumul pour les installations de combustion : la Commission regrette que le Conseil affaiblisse ainsi l'application des règles de cumul, mais peut accepter un seuil «de minimis» de 15 MW qui concernera de petites installations dont l'incidence sur l'environnement est limitée.
Clause de révision pour certaines grandes installations de combustion : la Commission est favorable à cette clause de révision car les résultats de la révision des documents de référence MTD pourraient être pris en considération à l'occasion de cette révision.
Champ d'application : le Conseil ne reprend pas les propositions concernant l'élargissement du champ d'application aux installations de combustion dont la puissance thermique nominale est comprise entre 20 et 50 MW, ainsi qu'aux activités d'élevage intensif. Par ailleurs, Il modifie le champ d'application proposé en ce qui concerne les activités de gestion des déchets et la fabrication des produits céramiques. En outre, il supprime la proposition visant à exiger que l'épandage de fumier et de lisier soit réalisé conformément aux MTD. La Commission aurait préféré s'en tenir à sa proposition initiale d'élargissement du champ d'application et aux dispositions proposées pour la gestion des engrais, mais elle juge les modifications acceptables compte tenu de l'introduction d'une clause de révision portant sur ces questions précises.
Échanges de droits d'émission de NOx et de SO2 : le Conseil introduit un considérant qui mentionne l'exploration des possibilités d'instruments basés sur le marché, tels que des systèmes d'échange de droits d'émission de NOx et de SO2, ce qui rend compte de l'évaluation entreprise par la Commission sans préjuger de son résultat.
Exercice de la délégation et objection aux actes délégués : la Commission est favorable à la délégation de pouvoir pour une durée indéterminée, mais elle peut accepter l'approche du Conseil (5 ans avec reconduction tacite). Par ailleurs, la Commission regrette que le Conseil ait fixé à trois mois le délai dont le Conseil et le Parlement européen disposent pour s'opposer à l'acte délégué. La Commission est favorable à un délai de deux mois, pouvant être prolongé d'un mois à l'initiative du Parlement européen ou du Conseil.
Consultation d'experts lors des travaux préparatoires à l'adoption des actes délégués : la Commission n'approuve pas le considérant relatif à la consultationd'experts lors des travaux préparatoires à l'adoption des actes délégués.
La Commission conclut que les changements introduits par le Conseil sont acceptables car ils sont compatibles avec la proposition de la Commission et la renforcent, à l'exception de certaines appréciations du Conseil concernant les compétences conférées à la Commission, conformément aux dispositions des articles 290 et 291 (TFUE). En conséquence, la Commission n'approuve pas la position adoptée à l'unanimité par le Conseil en première lecture.