La position du Conseil confirme les objectifs proposés par la Commission et incorpore la majorité des amendements présentés par le Parlement européen en première lecture, soit intégralement, soit en partie ou dans leur esprit.
La position du Conseil inclut également un certain nombre de modifications autres que celles prévues dans l'avis en première lecture du Parlement européen. Ces modifications ont été négociées avec le Parlement, qui a confirmé par courrier son accord provisoire sur l'intégralité du texte.
Les principales modifications apportées à la proposition de la Commission portent sur les points suivants:
Autorisation des personnes : afin de réduire la charge administrative et de mieux tenir compte des différents types d'intervenants, le Conseil a supprimé l'obligation d'autoriser les personnes exécutant ou supervisant les procédures qui était prévue, mettant l'accent sur les exigences relatives aux compétences du personnel.
Ces exigences englobent l'obligation d'indiquer dans l'autorisation de chaque éleveur, fournisseur ou utilisateur une personne chargée de garantir que le personnel dispose d'un niveau d'études, de compétences et d'une formation continue adéquats.
Laboratoire de référence de l'Union : conformément à un amendement du Parlement, le Conseil a renforcé la promotion des méthodes de substitution au niveau de l'Union par l'établissement d'un laboratoire de référence de l'Union centralisé, auquel il a assigné un certain nombre de responsabilités, dont celles de coordonner et de valider les approches de substitution et de servir d'interface pour l'échange d'informations sur leur mise au point.
Clauses de sauvegarde : le Conseil a ajouté deux clauses de sauvegarde supplémentaires afin de tenir compte des situations où, à l'avenir, pour des raisons scientifiquement justifiables, les États membres pourraient juger nécessaire d'autoriser l'utilisation de primates non humains dans des domaines non liés à une affection invalidante ou potentiellement mortelle frappant l'homme ou de dépasser la limite supérieure de gravité des procédures. Cette autorisation ne pourrait être que provisoire et serait soumise à une procédure de contrôle de l'Union.
Classification des procédures selon leur degré de gravité : partageant l'approche du Parlement, le Conseil a introduit dans la directive un système de classification uniforme des procédures selon leur degré de gravité.