Par un accord politique décisif, le Conseil a ouvert la voie à la création, au cours de l'été 2012, de l'Agence européenne pour la gestion opérationnelle des systèmes d'information à grande échelle, sur la base d'un compromis avec le Parlement européen.
La présidence peut désormais confirmer au Parlement européen que, si ce dernier adopte sa position en première lecture sous la forme exacte qui figure dans le texte de compromis, le Conseil approuvera la position du Parlement européen lors d'une prochaine session.
L'objectif visé est que l'agence soit opérationnelle d'ici l'été 2012. Son siège sera établi à Tallinn, et les tâches liées au développement et à la gestion opérationnelle seront réalisées à Strasbourg, tandis qu'un site de secours sera installé en Autriche, à Sankt Johann im Pongau.
Parmi les systèmes d'information à grande échelle qui seront gérés par la future Agence figureront par exemple le Système d'information Schengen de deuxième génération (SIS II), le Système d'information sur les visas (VIS) et EURODAC. L'Agence sera également chargée de gérer tout autre système d'information susceptible d'être mis au point à l'avenir dans le domaine de la liberté, de la sécurité et de la justice. Toutefois, chaque intégration d'un nouveau système devra faire l'objet d'une décision spécifique du Conseil et du Parlement européen.