La Commission est d’accord avec la position du Conseil étant donné que le compromis négocié entre le Parlement européen et la Conseil conserve tous les éléments clés de la proposition originale de la Commission. Qui plus est, il comprend :
1) une obligation légale assortie de délais pour assurer une gestion durable des stocks,
2) une obligation légale assortie de délais pour éliminer la pratique des rejets,
3) un système de régionalisation permettant la prise de décision au plus près des acteurs concernés.
La Commission accepte également les amendements portant sur les plans pluriannuels, les règles d'accès aux eaux, la création de zones de reconstitution des stocks de poissons, l'attribution des possibilités de pêche, la gestion de la capacité de pêche, la collecte de données, la dimension extérieure, le contrôle et l’exécution, et la consultation et la composition des conseils consultatifs.
La Commission note que la position du Conseil intègre (partiellement ou totalement) la teneur de bon nombre des 230 amendements introduits par le Parlement européen.
S’agissant des nouvelles dispositions introduites par le Conseil, la Commission accepte le modèle de régionalisation et un champ d’application élargi pour le modèle de régionalisation reformulé. En matière de gestion de la capacité de pêche, la Commission accepte également le compromis tendant à réintroduire un système de concessions de pêche transférables à titre facultatif.
La Commission accepte enfin l’accord conclu sur l'habilitation de la Commission, au moyen d’actes délégués et d’actes d’exécution, en particulier dans le cadre de la régionalisation. Toutefois, en ce qui concerne certaines dispositions spécifiques institutionnelles du modèle de régionalisation (article 18) et la limitation des pouvoirs de la Commission en vertu de la procédure de comitologie en ce qui concerne l’article 22 (modalités d’application du régime d'entrée/sortie), la Commission estime nécessaire de clarifier sa position par certaines déclarations.
De même, la Commission estime nécessaire de faire une déclaration sur sa position quant à certaines dispositions de la partie VI (politique extérieure).