La position commune du Conseil reprend en substance la proposition de la Commission en y apportant quelques modifications auxquelles la Commission a souscrit. Ces modifications concernent notamment le choix de la base juridique de la proposition (art. 152, paragraphe 4 du traité CE au lieu de l'art. 100 A) ainsi que l'introduction de l'obligation d'examiner avec les autorités compétentes les résultats des contrôles sur place de la Commission avant qu'un rapport final ne soit diffusé.
Le Conseil a par ailleurs introduit une modification de fond tendant à modifier l'article 1er, point 4, de la proposition initiale de la Commission et à ajouter l'article 1er, point 8, aux modifications proposées. Á l'origine, cette disposition donnait pouvoir à la Commission, en cas de situation critique susceptible de constituer un risque grave pour la santé ou pour l'environnement, de prendre des mesures de protection immédiates à l'égard des produits importés de pays tiers, sans consulter les États membres au préalable. Le Conseil a décidé qu'il n'était pas nécessaire d'habiliter la Commission à agir sans consulter les États membres, même en cas de situation critique.
Le Conseil a introduit un nouvel article 23 bis précisant la procédure à suivre pour arrêter des mesures de sauvegarde sur la base de l'art. 5 de la décision 99/468/CE relative à la comitologie.�