La position commune du Conseil ne retient qu'un seul des sept amendements acceptés par la Commission dans sa proposition modifiée, à savoir l'amendement qui demande à la Commission de faire rapport tous les deux ans au PE et au Conseil sur les progrès dans la réalisation de l'interopérabilité.
Pour le reste, le Conseil a introduit des modifications importantes, dont les principales concernent les points suivants:
- Objet de l'interopérabilité : l'expression "système ferroviaire transeuropéen" remplace celle de "réseau transeuropéen";
- Contenu des Spécifications Techniques d'interopérabilité (STI):
.des STI concernant l'environnement, l'exploitation ou les usagers ne seront élaborées que dans la mesure où cela s'avère nécessaire pour assurer l'interopérabilité dans des domaines structurels;
.la cohérence du système ferroviaire transeuropéen que permet le respect des STI ne doit pas remettre en cause la cohérence de chaque réseau national existant
- Critères d'élaboration des STI :
.les STI prennent en compte le coût des différentes solutions techniques permettant de réaliser l'interopérabilité; l'organisme commun représentatif doit présenter une évaluation des coûts et avantages de chacune des solutions;
.l'organisme commun représentatif doit travailler de façon transparente et suivant les procédures communautaires générales d'harmonisation
- Faculté accordée aux Etats membres de ne pas appliquer certaines STI dans des cas spécifiques : dans tous ces cas, l'Etat membre concerné doit notifier préalablement son intention de dérogation à la Commission et lui fournir des précisions et justifications appropriées;
- Organismes notifiés : une procédure est prévue pour les cas où un Etat membre ou la Commission estiment qu'un organisme notifié par un autre Etat membre ne satisfait pas aux autres critères pertinents
- Comité : le comité consultatif est remplacé par un comité de type III-b
- Annexe I : l'annexe a été reformulée pour tenir compte:
.en ce qui concerne les infrastructures, de la position commune concernant la proposition de décision sur les orientations pour le développement du réseau transeuropéen de transport;
.en ce qui concerne le matériel roulant, de la possibilité d'atteindre des vitesses dépassant 300 km/h. dans certaines circonstances;
- Annexe II : le Conseil a éliminé la liste des secteurs visés dans chacun des sous-systèmes;
- Annexe III (exigences essentielles) : suppresion des paragraphes relatifs à la "nature des exigences", à la "protection des consommateurs" et aux "usagers".
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