Le Conseil s'est rallié à la position de la Commission en incorporant dans sa position commune 7 amendements du Parlement européen. Le Conseil a cependant introduit des modifications à la proposition en ce qui concerne les points suivants :
- plans opérationnels d'intervention établis par les États membres pour faire face à des situations d'urgence : le Conseil a modifié la proposition afin de mieux préciser le partage des rôles et des responsabilités entre la Commission et les États membres dans l'élaboration des plans, et pour s'assurer que ces plans présentent des garanties d'efficacité équivalentes,
- contrôles à destination : en vue d'améliorer l'efficacité des contrôles, la position commune permet aux États membres de demander aux opérateurs de leur signaler l'arrivée des produits susceptibles d'être contrôlés. Les États membres devraient être tenus informés de tout recours à cette possibilité, dans le cadre du Comité permanent pour l'alimentation animale,
- clause de sauvegarde : la position commune permet à la Commission de prendre toutes les mesures de précaution nécessaires si un risque grave pour la santé apparaît dans un État membre dans le cas de produits destinés à l'alimentation animale et lorsque ce risque ne peut être maîtrisé de façon satisfaisante par cet État;
- système d'information relatif aux risques découlant des aliments des animaux : le Conseil a modifié en profondeur le système d'information proposé en ayant comme objectif l'échange rapide et efficace des données à transmettre.
Le Conseil a étendu la portée du système d'information aux lots de produits importés de pays tiers. Par ailleurs, il fait préciser dans quelles circonstances intervient l'obligation de fournir des informations dans ce cadre de ce système, et sur qui elle pèse. En ce qui concerne les personnes devant fournir les informations exigées, le Conseil a inclus les professionnels assurant le suivi sanitaire des élevages sans préjudice du secret professionnel auquel ces derniers sont tenus sur base des législations nationales.�