La position commune du Conseil retient totalement ou partiellement une grande majorité des amendements du Parlement européen (17 au total). Le Conseil a toutefois introduit d'importantes modifications de fond par rapport à la proposition initiale. Ainsi, la position commune est basée sur les principes suivants:
- l'installation est décomposée en sous-systèmes et en constituants de sécurité;
- les dispositions initialement prévues pour l'installation sont désormais prévues prévues pour chaque sous-système;
- les constituants de sécurité et les sous-systèmes peuvent être mis sur le marché et circuler librement s'ils satisfont à certaines exigences essentielles; par ailleurs, le marquage "CE" est introduit et seuls les constituants de sécurité munis du marquage "CE" peuvent être considérés conformes aux exigences essentielles sans nécessité de justifications particulières;
- chaque Etat membre doit fixer les procédures d'autorisation de construction et de mise en service des installations, y compris les infrastructures de l'installation (génie civil);
- les dispositions relatives à l'exploitation et à la maintenance se concentrent sur celles qui ont une incidence sur la conception des produits;
- il est précisé que seules les normes harmonisées donnent la présomption de conformité.
S'agissant de la comitologie, il faut noter l'introduction d'une disposition permettant de revenir sur la nature du comité (comité consultatif) après deux ans d'application de la directive.�