La position commune adoptée à l'unanimité intègre totalement ou en substance 23 des 73 amendements proposés par le Parlement européen en première lecture. Ces amendements concernent notamment le renforcement de la transparence, les déclarations des émissions par les exploitants, les amendes, les rapports établis par les États membres, les liens avec les systèmes d'échange de droits d'émission des pays tiers, ainsi que le réexamen et les éléments à réexaminer. La position commune comprend en outre 5 amendements que la Commission n'avait pas acceptés dans sa proposition modifiée, portant sur l'exclusion temporaire de certaines installations dans certaines conditions jusqu'à la fin 2007, la méthode d'octroi des quotas, la limitation du recours à la comitologie et l'inclusion de secteurs et de gaz supplémentaires.
La position commune prévoit en particulier que des réexamens auront lieu avant le 31 décembre 2004 et le 30 juin 2006 pour déterminer s'il y a d'autres gaz à effet de serre dont les émissions peuvent être surveillées de manière suffisamment exacte et si l'on peut élargir le champ d'application du système. À partir de 2008, les États membres pourront décider unilatéralement d'ajouter les émissions d'autres gaz, à la suite de quoi un examen sera effectué pour envisager l'harmonisation du système selon la procédure de codécision.
Le système d'échange d'émissions s'applique à la production d'énergie, de chaleur et de vapeur des installations de plus de 20 MW, mais les États membres peuvent étendre l'application du système dès 2005 à des installations d'une capacité inférieure. En outre, le recours à la comitologie proposé à l'origine pour réviser l'annexe III a été limité dans la position commune à la période allant de 2008 à 2012.
La disposition de la position commune qui prévoit que, pendant la période allant de 2008 à 2012, les États membres doivent octroyer au moins 90 % des quotas à titre gratuit donne aux entreprises et aux États membres une plus grande certitude sur ce à quoi ils doivent s'attendre pour l'avenir, et la question d'une nouvelle harmonisation de la méthode d'octroi fera partie du réexamen qui doit avoir lieu pour le 30 juin 2006.
La position commune ne préjuge pas la question de la manière de relier le système communautaire d'échange d'émissions et les mécanismes dits "de projet" du protocole de Kyoto: le Conseil et le Parlement européen en décideront par la procédure de codécision sur la base de la proposition que la Commission doit présenter prochainement sur les mécanismes de projet. Par ailleurs, la position commune accepte la position du Parlement européen selon laquelle le système communautaire d'échange d'émissions ne devrait avoir de lien qu'avec des systèmes existants dans des pays tiers qui ont ratifié le protocole de Kyoto.�