La position commune, adoptée à l'unanimité par le Conseil, reprend littéralement, en substance ou partiellement, la plupart des amendements du PE intégrés par la Commission dans sa proposition modifiée. Elle comporte un certain nombre de divergences importantes par rapport à la proposition modifiée de la Commission. Cela est dû, essentiellement, au fait que l'accent porte désormais davantage sur les aspects du règlement relatifs à la conservation que sur ceux qui se rapportent au commerce, ce qui a notamment entraîné la modification de la base juridique du texte (art. 130 S paragraphe 1 du Traité CE).
La position commune reflète en outre le souhait des Etats membres de concentrer les efforts et les ressources sur la protection des espèces les plus vulnérables et d'éliminer certains aspects moins importants relatifs à la mise en oeuvre et à l'application qui constituent une charge administrative inutile.
Le règlement, tel qu'envisagé par la position commune, comporte un système de quatre annexes qui correspondent à un niveau de protection croissant, de l'annexe D (simple surveillance statistique) à l'annexe A (interdiction totale du commerce).
Les espèces visées sont celles figurant dans les annexes de la Convention CITES, augmentées d'une série d'espèces prioritaires. Le niveau et l'étendue de la protection dans la Communauté qui en résulteront dépasseront donc ceux de la Convention. L'inscription de ces espèces dans l'annexe appropriée s'effectue sur la base de critères "objectifs". Selon leur degré de menace d'extinction, il s'agit d'établir des conditions plus ou moins restrictives d'introduction dans la Communauté des espèces en question. Concrètement, il est question de la réalisation des vérifications nécessaires et de la présentation de permis d'importation délivrés par l'organe de gestion habilité de l'Etat membre de destination. Le contrôle de la réexportation des spécimens des espèces visées fait l'objet d'une attention particulière, tout comme le contrôle des activités commerciales impliquant de tels spécimens. La position commune porte également sur les infractions au règlement que les Etats membres seront tenus de sanctionner, ainsi que sur l'obligation d'information de la part des Etats membres afin de pertmettre la mise en oeuvre du règlement.
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