La position commune partage les grands objectifs de la proposition visant à développer le transport ferroviaire international ainsi qu'à garantir les principes de transparence et de non-discrimination. Toutefois, le texte ayant été remanié considérablement pendant la discussion, la position s'écarte sur un certain nombre de points, de la proposition de la Commission.
Parmi les modifications introduites par le Conseil, les plus significatives sont les suivantes:
- en matière de calcul des redevances, la faculté accordée aux États membres de demander des majorations, par rapport au coût directement imputable à l'exploitation ferroviaire, lorsque le marché s'y prête et que l'État en question souhaite un recouvrement plus complet du coût total des infrastructures,
- en matière de répartition des capacités, la limitation aux seules entreprises ferroviaires de se porter candidats à l'acquisition des sillons horaires, bien que permettant aux États membres d'admettre d'autres candidats sur leur territoire,
- une simplification, par rapport à la proposition, des règles concernant tant la tarification que la répartition des capacités,
- l'ajout de dérogations concernant l'application de quelques articles de la directive, dont peuvent se prévaloir certains États membres (Grèce, Irlande) en fonction des circonstances particulières de leurs réseaux ferroviaires.
À noter que le Conseil a suivi la proposition modifiée en retenant totalement ou partiellement les amendements du Parlement européen concernant: l'ouverture progressive du marché ferroviaire; les conditions de concurrence équitables entre le rail et la route et la prise en compte de leurs effets externes; les définitions de "gestionnaire de l'infrastructure" et de "réseau"; l'obligation de mettre en place un cadre pour la tarification; les cas où des services à fournir aux entreprises relèvent des fournisseurs autres que les gestionnaires des infrastructures; le fait d'admettre que le montant des redevances dépasse le coût directement imputable à l'exploitation des trains; les exceptions aux principes de tarification.�