Le Conseil a arrêté à la majorité qualifiée, les délégations française, belge et luxembourgeoise votant contre, sa position commune relative au "deuxième paquet ferroviaire", à savoir les quatre propositions législatives suivantes:
- la directive sur l'interopérabilité du système ferroviaire transeuropéen;
- la directive concernant la sécurité des chemins de fer communautaires;
- la directive relative au développement de chemins de fer communautaires (accès au marché);
- le règlement instituant une agence ferroviaire européenne.
En ce qui concerne le projet de directive sur la sécurité, et en particulier en ce qui concerne les procédures de notification des nouvelles règles de sécurité nationales exigeant un niveau de sécurité plus élevé que celui des objectifs de sécurité communs (OSC), le Conseil a retenu, en totalité ou en substance, 8 amendements du Parlement européen.
Les principaux éléments de la position commune sont les suivants :
- après l'adoption des OSC, un État membre peut instaurer une nouvelle règle de sécurité nationale exigeant un niveau de sécurité plus élevé que celui des OSC. Avant d'adopter une telle règle, l'État membre consulte en temps voulu l'ensemble des parties intéressées et en informe la Commission, qui soumet le projet de règle de sécurité à un comité spécial pour avis;
- si la Commission estime que le projet de règle est incompatible avec les méthodes de sécurité communes (MSC), ne permet pas d'atteindre au moins les OSC ou qu'elle établit une discrimination arbitraire entre les États membres ou constitue une restriction déguisée des opérations de transport ferroviaire entre ceux-ci, une décision, dont le destinataire est l'État membre concerné, est adoptée;
- un nouvel article a été introduit concerant l'agrément de sécurité des gestionnaires d'infrastructure;
- les dispositions relatives à l'accès aux services de formation ont été renforcées; dans le même temps, les exigences de base auxquelles doit satisfaire le personnel de bord ont été supprimées étant donné qu'elles feront rapidement l'objet d'une spécification technique d'interopérabilité (STI);
- s'agissant de l'harmonisation des certificats de sécurité, l'étape intermédiaire correspondant à des lignes directrices non contraigantes a été jugée inutile;
- enfin, le texte a subi de nombreuses modifications techniques, dont celles concernant les tâches de l'autorité de sécurité, ainsi que plusieurs changements apportés aux annexes.�