La Commission accepte certains amendements adoptés en deuxième lecture par le Parlement européen et modifie sa proposition en conséquence. Elle a notamment accepté :
- l'amendement relatif au marquage des aliments pour animaux familiers et l'amendement concernant la séparation entre les usines;
- l'amendement relatif aux matières collectées lors du traitement des eaux résiduaires qui précise que ces matières n'appartiennent à la catégorie 1 que si elles contiennent des matériels à risques spécifiés;
- les amendements sur les déchets de cuisine et de table prévoyant l'exclusion de ces déchets des règles de contrôle établies à l'article 7 et faisant référence à la législation en matière d'environnement;
- l'amendement visant à étendre aux espèces d'oiseaux nécrophages menacées d'extinction ou protégées la dérogation concernant l'utilisation des matières de catégorie 1 pour l'alimentation de certains animaux.
En revanche, la Commission ne peut accepter l'amendement concernant l'utilisation de déchets de cuisine et de table dans l'alimentation animale pour des motifs institutionnels principalement, car il porterait atteinte au droit d'initiative de la Commission, puisqu'il impose à cette dernière de proposer, dans un délai déterminé, un acte législatif au contenu établi par le Parlement européen.�