La proposition modifiée de la Commission retient en totalité 7 amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture. La Commission accepte l'amendement du Parlement qui indique que la stratégie de l'UE pour atténuer le changement climatique doit reposer sur un équilibre entre le système d'échange des émissions et d'autres types d'action nationale et internationale.
En ce qui concerne les amendes, la Commission a introduit dans sa proposition l'amendement visant à publier uniquement le nom des entreprises qui n'ont pas restitué un nombre suffisant de quotas en application de la directive. Sont également pris en considération l'amendement visant à supprimer la disposition selon laquelle l'amende représente le double du prix moyen du marché si ce dernier est supérieur à 100 EUR, ainsi que l'amendement visant à supprimer la disposition selon laquelle, au cours de la période 2005-2007, l'amende représentera le double du prix moyen du marché si ce dernier est supérieur à 50 EUR.
En ce qui concerne les éléments à réexaminer, la Commission a retenu les amendements visant à préciser que le réexamen devrait consister à étudier le lien entre l'échange de droits d'émission à l'échelle communautaire et l'échange de droits d'émission à l'échelle internationale qui commencera en 2008. Elle accepte de faire référence à la poursuite de l'harmonisation de la méthode d'allocation et retient l'amendement visant à ajouter que le réexamen peut porter sur d'éventuelles modifications en vue d'adapter le système d'échange à une Union européenne élargie.
La Commission a également accepté en partie ou dans le principe 11 amendements du Parlement européen portant notamment sur la transparence, les déclarations des émissions par les exploitants, les rapports établis par les États membres et le réexamen.
Les autres amendements ne sont pas acceptés.�