La commission a adopté le rapport de M. Sean Ó NEACHTAIN (UEN, IRL) modifiant la proposition dans le cadre de la procédure de consultation. Les députés sont d'avis que la proposition de la Commission est bien trop timide, particulièrement en ce qui concerne le financement. Aussi ont-ils adopté des amendements visant à conférer aux CCR une réelle viabilité. Alors que la proposition de la Commission prévoit une enveloppe maximum de 100.000 euros pour chacun des 6 nouveaux CCR pour la première année, le financement allant décroissant pour cesser après trois ans, les députés préconisent un maximum de 500.000 euros pour donner aux CCR la capacité de mener leurs propres recherches. Ils sont par ailleurs d'avis qu'en tant qu'organisations sans but lucratif les CCR ont besoin d'un soutien financier permanent.
La commission réclame également un statut plus clair pour les CCR, chaque CCR étant "un organe légalement constitué, à but non lucratif" enregistré dans un État membre. D'autres amendements habilitent les CCR à envoyer des observateurs à toute réunion, au niveau national ou communautaire, où il sera question des populations de poissons de leur zone géographique. Les députés soulignent également que la Commission devrait être présente à toutes les réunions des CCR.
Aux yeux des députés, les CCR ont été conçus d'abord pour défendre les intérêts des pêcheurs. Le rapport précise par conséquent qu'au sein de l'assemblée générale et du comité exécutif de chaque CCR, deux tiers des sièges "au moins" doivent être alloués aux représentants du secteur de la pêche. Les députés estiment également que les CCR sont le lieu par excellence où pêcheurs et scientifiques peuvent transcender leurs traditionnelles divergences sur l'état des populations. C'est la raison pour laquelle ils souhaient que les CCR adoptent leurs recommandations toujours par consensus (la proposition de la Commission prévoit qu'il soit fait mention des avis divergents exprimés par des minorités au sein des CCR).
Enfin, étant donné que la Commission européenne est tenue de réexaminer le fonctionnement des CCR après trois ans, les députés sont d'avis que si l'expérience apporte la preuve de l'efficacité de ces nouveaux organes, ceux-ci devraient, à l'avenir, "se voir octroyer un rôle important en matière de gestion" de la politique commune de la pêche.�