La Commission a modifié sa proposition pour prendre en compte plusieurs amendements du Parlement:
-elle a réexaminé les critères gouvernant l'inclusion des espèces couvertes par la législation communautaire existante en matière de conservation de la flore et de la faune sauvages, d'où une réduction considérable du nombre des espèces figurant aux annexes A et B;
-dans la même optique, afin d'éviter les doubles emplois et garantir la transparence du droit communautaire, elle a proposé d'abroger plusieurs règlements fixant des normes communes aux importations de baleines et produits issus de cétacés, et de modifier les directives relatives aux oiseaux et habitats modifiées;
-elle a supprimé les dispositions au titre desquelles les Etats membres devraient recenser dans une annexe E au règlement les espèces indigènes menacées, et, en complément, introduit un article autorisant l'adoption de dispositions nationales plus strictes relatives à l'interdiction de posséder des spécimens de telles espèces;
-elle a simplifié les dispositions relatives aux différents types d'introduction dans la Communauté, l'exportation et la réexportation hors de la Communauté, la possession et le commerce intra-communautaire, ainsi que les dérogations.
Les autres amendements du Parlement n'ont pas été retenus, notamment ceux relatifs aux sanctions, à la participation du Parlement à la procédure du comité, ou aux essences tropicales.�