Dans sa proposition modifiée, la Commission reprend un nombre limité d'amendements parmi ceux approuvés par le Parlement européen en plénière. Les amendements repris par la Commission portent sur les points suivants :
-ajout d'une référence aux organisations existant "dans les Etats membres" dans les paragraphes relatifs aux organisations nationales ou internationales,
-précisions quant aux objectifs et fonctions de l'Observatoire:
.les données collectées et analysées devront être également fournies par les centres de recherche, en plus des Etats membres et des organisations internationales et non gouvernementales,
.un appui devra être fourni à la création et à la liaison des fonds de documentation ouverts au public,
.dans le cadre du réseau RAXEN, coopération avec des organisations actives dans les Etats membres (y compris sur le plan de la coopération "stricto sensu"),
-sur le plan administratif : le directeur devra rendre compte de ses activités au conseil d'administration et les experts du comité scientifique devront être nommés sur base des propositions des Etats membres, de la Commission et des organisations associées aux travaux de l'Observatoire.�