La proposition modifiée de la Commission retient deux amendements sur les quatre adoptés par le Parlement européen. Le premier amendement consiste à insérer un nouveau considérant faisant explicitement référence au "modus vivendi" entre Parlement et Commission dans la procédure de comitologie. L'autre amendement vise à substituer l'expression "au plus tôt" à celle "en temps utile" s'agissant des incitations fiscales. La Commission n'a pas retenu l'amendement qui obligerait à proposer avant la fin de 2002 une troisième phase de sévérisation des valeurs limites des seuils de polluants.