La Commission a accepté dans leur intégralité ou partiellement 22 des 37 amendements proposés par le Parlement européen en première lecture. 16 de ces amendements ont été repris dans la position commune.
La Commission est d'avis que la position commune ne modifie pas le fond ni les objectifs premiers de la proposition, mais qu'elle l'éclaircit sur de nombreux points. Sur d'autres points, la portée de la proposition a été atténuée et le calendrier allongé. Étant donné que la directive n'entrera probablement pas en vigueur avant la fin de 2001 dans le meilleur des cas, on peut considérer que le Conseil reporte de 6 mois la date de début de mise en oeuvre, de 18 mois l'information de la Commission et de 2 ans les différentes phases de la cartographie et l'élaboration des plans d'action. Globalement, la mise en oeuvre commencerait en 2003 et s'achèverait à la fin de 2012.
En conséquence, la Commission approuve pour l'essentiel la position commune, mais se réserve d'adopter une attitude plus souple pour ce qui est de la deuxième lecture.�