En adoptant le rapport M. Gilles SAVARY (PSE, F), le Parlement européen a adopté de nombreux amendements qui visent, entre autres, à souligner l'importance d'adopter une approche progressive, dans le souci de ne pas imposer au système ferroviaire des contraintes économiques supplémentaires préjudiciables à sa compétitivité. Il convient de veiller tout particulièrement à ne pas pénaliser économiquement le rail par rapport aux autres modes de transport et à garantir le maintien de réseaux secondaires. Le Parlement préconise également l'établissement d'un ordre de priorités et d'un calendrier. Il estime que l'élaboration et l'application des STI au système ferroviaire conventionnel ne doit pas entraver l'innovation technologique et que celle-ci doit aller dans le sens d'une amélioration des performances économiques. De plus, l'interopérabilité du système ferroviaire conventionnel devrait être mise à profit en vue d'une meilleure interopérabilité intermodale.
Le Parlement a aussi adopté un amendement assurant qu'une priorité élevée est accordée à l'analyse coûts-bénéfices à toutes les étapes de l'élaboration des STI. D'autres amendements visent à préciser les définitions, par exemple en ce qui concerne les objectifs de la directive, et à préciser les cas et conditions dans lesquels un État membre peut ne pas appliquer certaines STI.
Le Parlement demande que l'élaboration et la révision des STI prennent en compte l'avis des usagers, en ce qui concerne les caractéristiques ayant une incidence directe sur les conditions d'utilisation des sous-systèmes par ces usagers. Dans le cadre du processus d'élargissement, les pays candidats devraient également bénéficier de la possibilité de participer à titre consultatif à l'élaboration des STI dès le début, et une définition plus large du champ de l'intertopérabilité s'impose, y compris l'inclusion de dispositions sociales (conditions de qualification professionnelle et d'hygiène et de sécurité au travail).�