En adoptant les rapports de M. Stefano ZAPPALA' (PPE-DE, I), le Parlement européen a approuvé les deux positions communes relatives à la passation des marchés publics, bien qu'il ait adopté également quelques amendements techniques. Ainsi, le Parlement a rejeté la grande majorité de la centaine d'amendements adoptés par la commission au fond ou déposés par différents groupes politiques lors de la séance plénière.
Parmi les amendements adoptés en plénière il faut mentionner celui qui exclut du champ d'application de la directive les marchés publics de fournitures qui visent l'achat de livres scolaires, dont le prix de vente final est fixe et déterminé par la loi dans l'État membre concerné. Une autre série d'amendements veille à ce que le pouvoir adjudicateur prenne en considération les besoins spécifiques des personnes handicapées, les méthodes de production ainsi que la politique des soumissionnaires en matière d'égalité de traitement. Par ailleurs, sont considérés comme "pouvoirs adjudicateurs", les centrales d'achat instituées par les organismes de doit public en vue de la passation des marchés publics.
Une des innovations de ces nouvelles directives concerne la remise d'offre par voie électronique. Le Parlement insiste pour que la sécurisation soit garantie dans ce cas, notamment en ce qui concerne les signatures électroniques. Par ailleurs, les pouvoirs adjudicateurs devront présenter aux soumissionnaires sur demande un certificat d'un tiers accrédité attestant qu'ils ont pris les mesures appropriées pour préserver la confidentialité des informations fournies par les soumissionnaires au cours de la transmission et après réception des offres. Le Parlement précise en outre que la procédure d'"enchère électronique" ne convient pas pour l'adjudication de marchés de travaux, ainsi que de services de création intellectuelle ou d'autres services complexes.
Le Parlement a encore adopté un amendement stipulant que les pouvoirs adjudicateurs peuvent, s'ils le souhaitent, établir et gérer un système de qualification d'opérateurs économiques. Il demande également que les États membres établissent des mécanismes de contrôle ouverts et transparents pour garantir l'application de la directive.�