En adoptant la recommandation pour la deuxième lecture de Mme Karin SCHEELE (PSE, A), le Parlement européen a approuvé la position commune sur la base d'un accord informel établi avec le Conseil. Les éléments de compromis les plus importants sont les suivants:
- Le seuil d'étiquetage sera fixé à 0,9% et non pas à 0,5% comme l'avait souhaité le Parlement européen. Il sera possible de fixer un seuil plus bas dans le cadre de la procédure de comitologie.
- Pour ce qui est de la coexistence entre cultures génétiquement modifiées, conventionnelles et biologiques, la directive de base (2001/18/CE) sera modifiée de façon à prévoir que les États membres prennent toutes les mesures nécessaires pour éviter la présence accidentelle d'OGM dans d'autres produits (le Parlement n'a donc pas réussi à introduire des mesures obligatoires). La Commission collectera et coordonnera des informations reposant sur des études, au niveau communautaire et national, observera les développements en matière de coexistence dans les États membres et, sur cette base, élaborera des lignes directrices concernant la coexistence de cultures génétiquement modifiées, conventionnelles et biologiques. De plus, la Commission est invitée à présenter, dès que possible, toute autre proposition nécessaire.
Enfin, en rejetant deux amendements sur les semences, le Parlement accepte que le Conseil veuille inclure les semences dans le champs d'application du règlement, si elles sont destinées à un usage alimentaire.�