En adoptant la recommandation pour la deuxième lecture de M. Jorge MOREIRA DA SILVA (PPE-DE, P), le Parlement européen a approuvé la position commune sous réserve d'amendements de compromis.
En deuxième lecture, le Parlement continue à étendre la portée du système proposé par la Commission aux émissions d'autres gaz à effet de serre que le dioxyde de carbone. D'autres amendements ont été adoptés sur la méthode d'attribution des quotas d'émissions aux États membres et sur la limitation éventuelle des quotas alloués aux États membres.
Pour le Parlement, la Commission devra examiner au niveau communautaire des politiques et mesures afin que le secteur des transports apporte une contribution réelle à l'accomplissement par la Communauté européenne et ses membres de leurs obligations concernant le changement climatique, conformément au protocole de Kyoto. De plus, la Commission devra faire une proposition afin de préciser si et comment l'Annexe I doit être amendée pour y inclure d'autres secteurs impliqués, dont les transports, la métallurgie de l'aluminium et l'industrie chimique, afin d'améliorer encore l'efficacité économique du système.
Sur la question controversée de savoir si le système devrait être d'emblée contraignant, le Parlement a précisé que les États membres peuvent demander à la Commission que des installations soient temporairement exclues, jusqu'au 31 décembre 2007 au plus tard, du système communautaire. Toutefois, le Parlement s'est exprimé en faveur d'un nouvel amendement du Conseil, autorisant les États membres à octroyer des dérogations à certaines installations en cas de force majeure tout en demandant à la Commission de fournir, pour le 31 décembre 2003 au plus tard, des orientations en la matière.
Sur un autre point épineux, c'est-à-dire la question de savoir comment allouer les quotas d'émission aux États membres, le Parlement a adopté un amendement de compromis demandant aux États membres d'attribuer au moins 95 % des quotas d'émission gratuitement pour une période de trois ans, débutant au 1er janvier 2005. De plus, les députés ont insisté sur la possibilité d'harmoniser davantage la méthode d'octroi de quotas, comprenant la mise aux enchères pour la période après 2012. Lors de l'octroi des quotas, les États membres devraient prendre en considération le potentiel des activités de processus industriels à réduire les émissions.
La quantité totale de quotas à octroyer pour la période considérée doit être compatible avec le protocole de Kyoto. Selon le Parlement, la quantité totale de quotas à octroyer ne devrait pas être supérieure à celle nécessaire, selon toute vraisemblance, à l'application stricte des critères fixés dans l'annexe III de la directive. Avant 2008, la quantité de quotas devra être compatible avec un scénario aboutissant à ce que chaque État membre puisse atteindre voire dépasser son objectif de limiter ses émissions conformément au protocole de Kyoto.
Enfin, les députés insistent pour que priorité soit donnée aux actions nationales. Les mécanismes de projet, tels que la mise en oeuvre conjointe (MOC) et le mécanisme de développement propre (MDP), ne devraient venir qu'en complément d'actions nationales.�