La position commune intègre la plupart des amendements (22 sur 37) adoptés par le Parlement européen en première lecture, in extenso, en partie ou dans leurs grandes lignes. Elle contient également un nombre important de nouvelles modifications qui portent sur les points suivants :
- Objet, champ d'application et définitions : la position commune correspond en partie à l'amendement du Parlement européen. Toutefois, le Conseil n'accepte pas d'étendre la portée de la directive au-delà de la baignade pour y incorporer d'autres activités de plaisance. La position commune ne contient donc aucune référence à de telles activités. En revanche, elle intègre d'autres définitions issues de la directive-cadre sur l'eau et définit également d'autres termes clés, tels que " autorité compétente ", " pollution ", " incident de pollution à court terme ", " prolifération de cyanobactéries " et " public concerné " ;
- Contrôle : la position commune correspond, dans ses grandes lignes, aux amendements du Parlement européen, mais elle prévoit une plus grande souplesse s'agissant de l'emplacement du point de contrôle. Elle contient aussi des dispositions relatives à la pollution à court terme et prévoit le recours, dans certaines conditions, à d'autres méthodes ou règles équivalentes dont certaines peuvent être clarifiées par la procédure de comité. L'annexe IV énonce des exigences minimales accrues en matière de prélèvement d'échantillons par rapport à la proposition initiale de la Commission, afin de renforcer la fiabilité de la méthode statistique. Cependant, elle tient compte également des dispositions applicables aux saisons balnéaires particulièrement courtes qui caractérisent le nord de l'UE et des contraintes géographiques particulières (d'îles lointaines, par exemple). Il n'y a plus aucun lien direct entre la fréquence à laquelle les échantillons sont prélevés et leur classification. L'annexe V est conforme à l'amendement du Parlement européen ;
- Évaluation de la qualité : la position commune retient une période d'évaluation normale équivalant à quatre saisons balnéaires, tout en laissant aux États membres la possibilité de choisir une période de trois saisons dans certaines conditions. Elle indique le nombre minimal d'échantillons requis et les conditions dans lesquelles les eaux de baignade peuvent être subdivisées ou regroupées ;
- Classification et état qualitatif : la position commune repousse à 2015 la date d'application obligatoire du nouveau système de classification; elle introduit une quatrième catégorie dans la classification - eaux de qualité "satisfaisante" - qui constitue dorénavant la norme que les États membres doivent impérativement respecter ; elle précise enfin les conditions dans lesquelles les eaux de baignade pourraient être classées provisoirement comme étant de qualité " insuffisante " en utilisant une formulation conforme à l'amendement du Parlement européen.
Alors que la proposition initiale de la Commission définissait une série de paramètres applicables à toutes les eaux de baignade, la position commune établit des normes de qualité différentes pour les eaux douces et pour les eaux côtières. Elle propose des classifications reposant sur deux paramètres microbiologiques. L'annexe I fournit des évaluations au 95e centile et au 90e centile. Les valeurs limites des classifications " excellente " et " bonne " reposeraient sur des évaluations au 95e centile tandis que celles utilisées pour la qualité " suffisante " s'appuieraient sur une évaluation au 90e centile.
L'annexe II est conforme au principe général qui sous-tend l'amendement du Parlement, puisqu'elle dispose que les incidents de pollution à court terme n'influencent pas la classification d'une eau de baignade si l'autorité compétente prend les mesures appropriées pour protéger la santé des baigneurs. Pour tenir compte des incidents de pollution à court terme, la position commune permet d'ignorer 15% du nombre total d'échantillons ;
- Profil des eaux de baignade : la position commune précise qu'un profil unique pourrait être établi pour des eaux de baignade contiguës. La date limite pour l'établissement des premiers profils est repoussée et l'intervalle entre les évaluations allongé pour tenir compte de la somme de travail nécessaire. L'annexe III est conforme aux amendements du Parlement;
- Participation du public : la position commune est en partie conforme à l'amendement du Parlement. La définition du " public concerné " englobe les parties intéressées à l'échelon local ;
- Information du public : la position commune regroupe en un article unique l'ensemble des exigences d'ordre général visant à informer le public. Ces prescriptions sont conformes aux objectifs des amendements du Parlement. Elle encourage l'utilisation de signes et de symboles, prévoit l'adoption de règles harmonisées dans ce domaine par des procédures de comité et exige que les informations soient disponibles rapidement sur Internet ;
- Rapport et révision : comme le Parlement européen, le Conseil estime que la Commission devrait réexaminer l'application et le fonctionnement de la directive. La position commune précise toutefois un certain nombre de points clés que devrait aborder le rapport de la Commission, et notamment : les résultats de l'étude épidémiologique européenne que la Commission doit entreprendre d'urgence pour obtenir une certitude scientifique plus grande s'agissant des risques pour la santé associés à la baignade, particulièrement en eau douce ; les recommandations de l'OMS, lesquelles équivaudraient à la classification " bonne " plutôt qu'aux prescriptions minimales de la directive ;
- Procédure de comité : la position commune prévoit une disposition unique qui énumère les décisions techniques susceptibles d'être prises par la procédure de comité. Le Conseil estime toutefois que ces décisions devraient être facultatives et non contraignantes. En outre, il ne peut accepter l'amendement du Parlement demandant que de nouveaux paramètres sur la détection de virus soient incorporés par la procédure de comité.