En adoptant le rapport de Mme Satu HASSI (Verts/ALE, FI), le Parlement européen a approuvé le compromis intervenu suite aux négociations informelles avec le Conseil après le vote en commission au fond. Face aux réticences de plusieurs États membres, les députés ont dû renoncer à certaines exigences pour permettre à la nouvelle législation communautaire de voir le jour malgré tout et d'entrer en application sans tarder.
La commission au fond avait souhaité la fixation d'une deuxième phase, en 2010, date à laquelle elle souhaitait contraindre la Commission européenne à formuler de nouvelles propositions sur les valeurs-limites. Suite aux négociations avec le Conseil, il s'agira plutôt d´une clause de révision. Le texte de compromis prévoit ainsi que la Commission fera rapport dès 2008 et que, à la lumière des progrès accomplis et d'une nouvelle analyse du rapport coût-efficacité, elle examinera avec attention les propositions relatives à : la désignation de zones de contrôle supplémentaires des émissions de soufre de l'OMI ; la réduction si possible à 0,5% des valeurs limites pour le soufre pour les combustibles marins utilisés dans les zones de contrôle des émissions de soufre de l'OMI. Une nouvelle valeur limite, inférieure à 0,5 % pourrait alors être définie ; des mesures complémentaires ou de remplacement.
La Commission peut envisager de présenter des propositions relatives à des instruments économiques en tant que mesures complémentaires ou de remplacement dans le cadre de la révision de 2008, sous réserve que les avantages pour l'environnement et la santé puissent être clairement démontrés
Pour le Parlement, la présente directive doit être considérée comme la première étape d'un processus en cours de réduction des émissions maritimes, offrant des perspectives de nouvelles réductions des émissions via des teneurs en soufre plus faible des combustibles et des technologies de réduction, et de développement d'instruments économiques pour inciter à parvenir à des réductions importantes.