Le Conseil a adopté sa position commune à la majorité qualifiée, les délégations hongroise et autrichienne s’abstenant. La position commune confirme tous les objectifs et éléments essentiels de la proposition de la Commission et intègre un grand nombre de ses amendements (43 amendements retenus sur les 74 adoptés en première lecture). En particulier, les amendements qui portent sur le champ d'application de la directive, la définition de l'installation de gestion de déchets, la garantie financière et l'inventaire des sites fermés ont été acceptés quant à leur principe par le Conseil, moyennant quelques adaptations.
Plusieurs modifications apportées aux considérants introduisent les précisions suivantes:la définition des déchets doit également couvrir les déchets produits en phase de préproduction et de développement ; une référence à la définition des déchets d’extraction est ajoutée ; les déchets résultant d’activités autres que l’extraction ainsi que les déchets d’extraction transportés vers un site qui n’est pas une installation de gestion de déchets de l’industrie extractive sont couverts, le cas échéant, par une autre législation en la matière ; les déchets résultant de l’extraction de matériaux utilisés pour leurs propriétés radioactives ne sont pas couverts par la directive s’ils le sont déjà par la législation en vertu du traité Euratom ; les installations de gestion de déchets ne doivent pas être classées en catégorie A uniquement en fonction des risques qu’elles font courir à la santé et la sécurité des travailleurs ; il est nécessaire de fixer une période de suivi adéquate pour la surveillance et le contrôle des installations de catégorie A ; il faut inciter les États membres à mettre en évidence la corrélation entre la directive et leurs mesures d'application nationales.
En ce qui concerne le dispositif de la directive, le Conseil a introduit les modifications suivantes :
- Objectif : l'accent est mis sur la protection de l'eau, de la faune, de la flore, du sol, de l’air et du paysage ;
- Champ d’application: l’injection d’eau et la réinjection d’eau tirée de la nappe phréatique ont été exclues du champ d’application. Les dispositions restreintes s’appliquant aux déchets inertes (et qui, suite une demande du Parlement, couvrent aussi désormais les terres non polluées et les déchets résultant d’activités de prospection) ont été étendues de façon à reprendre l’intégralité des dispositions de l’article 5 (plan de gestion des déchets). Les déchets résultant de l’extraction de tourbe ont également été soumis à ces dispositions retreintes. Toutefois, il est précisé que les installations de gestion de tels déchets entrant dans la catégorie A sont soumises à l'intégralité des dispositions de la directive. La possibilité est accordée aux autorités compétentes de restreindre les exigences applicables aux déchets non dangereux résultant de la prospection ainsi qu'aux terres non polluées et aux déchets résultant de l’extraction de tourbe. En outre, il est créé une nouvelle catégorie de déchets non dangereux autres que les déchets inertes et les États membres peuvent les exempter des dispositions sur la garantie financière et la notification des événements susceptibles de nuire à la stabilité de l’installation, sauf s’ils sont gérés dans une installation de catégorie A comme précédemment ;
- Définitions : les définitions de «terre non polluée», « en mer », « prospection » et « modification substantielle » ont été ajoutées. Le texte introduit une approche différenciée de la définition d’ « installation de gestion de déchets » en fonction des risques présentés par chaque type de déchets, s’inspirant en partie d’un amendement du Parlement, tout en précisant que cette définition recouvre également les trous d’excavation dans lesquels des déchets sont replacés à des fins autres que la réhabilitation ou la construction. Il est précisé que l’exploitant est également responsable du stockage temporaire des déchets ;
- Exigences générales : elles ont été étendues de façon à couvrir l’ensemble de la gestion des déchets, y compris le stockage temporaire ;
- Plan de gestion des déchets : les exigences relatives à la classification des installations de gestion de déchets ont été déplacées de l’article 7 pour faire partie intégrante du plan de gestion des déchets. Un nouveau paragraphe a été ajouté qui exige l’approbation du plan par l’autorité compétente ;
- Prévention des accidents majeurs : il est précisé à quel moment les diverses informations sur les accidents majeurs doivent être mises à disposition ;
- Système de classification des installations de gestion de déchets : le système a été simplifié et les critères correspondants définis à l’annexe III ont été mis en conformité avec la définition d’ « accident majeur » ;
- Construction et gestion des installations de gestion de déchets : plusieurs autres éléments à prendre en compte ont été ajoutés pour l’implantation des installations de gestion de déchets ;
- Prévention de la détérioration de la qualité de l’eau et de la pollution : les valeurs limites concernant la concentration en cyanure dans les nouvelles installations ont été ramenées au niveau le plus bas ;
- Garantie financière : celle-ci peut aussi recouvrir des systèmes équivalents. La Commission souligne qu’un système équivalent, quelle que soit sa forme, doit garantir la disponibilité à tout moment des fonds requis pour effectuer les travaux de réhabilitation nécessaires en cas d’insolvabilité ou de forfait de l’exploitant. Les exigences relatives à la responsabilité environnementale ont été reprises dans un article distinct qui précise que les dispositions de la directive pertinente s’appliquent à l’ensemble de la gestion des déchets d’extraction ;
- Inventaire des installations fermées : sont fixées les priorités concernant les tâches à effectuer au titre de la comitologie au nombre desquelles a été ajoutée l'interprétation de la définition des déchets inertes ;
- Application : une nouvelle disposition a été ajoutée pour les installations de gestion de déchets qui ont cessé d’en recevoir à la date de transposition de la directive mais n’ont pas encore achevé les démarches de fermeture.