La Commission a accepté en totalité, en partie ou sur le principe, 46 des 74 amendements proposés par le Parlement européen en première lecture. Elle a retenu tous les amendements qui rendent le texte juridiquement plus clair, précisent le champ d’application de la proposition concernant la gamme de matériaux couverts, accroissent la sécurité d’exploitation à long terme des installations de gestion de déchets en renforçant notamment les dispositions relatives à leur fermeture et leur suivi, et abordent les problèmes de pollution posés par des sites historiques. Elle a rejeté, en particulier, les amendements qui sont trop normatifs et détaillés ou qui étendent considérablement le champ d’application de la proposition.
Dans une large mesure, le Conseil a tenu compte des amendements du Parlement et apporté plusieurs autres modifications. Même si la Commission aurait préféré que la directive ait un champ d’application plus étendu afin d’éviter plusieurs cas de dérogations, notamment en ce qui concerne les déchets non dangereux autres que les déchets inertes, elle soutient la position commune qui ne remet pas en question l’approche et les objectifs de la proposition.