En adoptant la recommandation pour la deuxième lecture contenue dans le rapport de M. Jules MAATEN (ADLE, NL), le Parlement européen approuve la position commune sous réserve d’amendements.
Contrairement à ce que souhaitait la commission de l'Environnement, la plénière a admis en particulier l'inclusion, pour une période transitoire de 8 ans, d'une catégorie de qualité supplémentaire pour les eaux de baignade, la "qualité suffisante", suggérée dans la position commune du Conseil. Mais les députés définissent, pour cette catégorie, des normes plus strictes que celles souhaitées par le Conseil. La plénière accepte aussi la distinction opérée dans la position commune entre eaux côtières et eaux intérieures en appliquant à ces dernières des normes moins strictes. En revanche, le Parlement détaille la marche à suivre par les autorités nationales ou régionales en cas de situation d'urgence. D’une manière générale, il insiste sur la nécessité d’élaborer des plans d’urgence, comprenant des systèmes d’alerte rapide, pour protéger le public et l'informer en temps opportun sur des événements exceptionnels tels que des inondations ou des pannes d'infrastructures.
Le Parlement a donné une définition plus précise de la notion « pollution à court terme ». Il demande que le premier classement effectué conformément aux exigences de la directive soit achevé au plus tard à la fin de la saison balnéaire 2011 (au lieu de 2015). Les États membres devraient veillent à ce que, à la fin de la saison balnéaire 2011 au plus tard, toutes les eaux de baignade soient au moins de qualité suffisante.
Comme en première lecture, le Parlement demande que les États membres veillent à ce que toutes les parties intéressées, y compris à l'échelon local, soient consultées et autorisées à participer lors de l'élaboration, l'examen et l'actualisation de la liste des eaux de baignade, du profil des eaux de baignade et des mesures de gestion. Les États membres doivent informent la Commission et le public des modalités de cette participation. Il souhaite enfin que la Commission réexamine la directive au plus tard en 2020, en accordant une attention particulière aux paramètres relatifs à la qualité des eaux de baignade et qu’elle soumette, le cas échéant, des propositions législatives.