En adoptant sa recommandation pour la deuxième lecture sur la gestion des déchets miniers, la plénière a rejeté la plupart des amendements importants qui figuraient dans le rapport de M. Jonas SJÖSTEDT (GUE/NGL, SE).
Les députés ont suivi la position commune du Conseil qui préconisait notamment exempter une catégorie de déchets de certaines obligations prévues dans la directive. Ainsi, pour une nouvelle catégorie de déchets dits "non- inertes non-dangereux", certaines dispositions de la directive ne seront donc pas d'application uniforme, les États membres restant libres d'y déroger. De même, des amendements qui prévoyaient la remise en état des exploitations aujourd'hui fermées, qui auraient eu surtout des conséquences dans certains nouveaux États membres, ont été rejetés par la plénière.
Certains amendements adoptés vont toutefois plus loin que ce que souhaitaient les États membres. Alors que la position commune autorisait le rejet des déchets miniers dans les eaux côtières ou intérieures sous certaines conditions, les députés souhaitent au contraire l'interdire dans tous les cas.
Avant d'ouvrir un nouveau site, les entreprises extractives devront prévoir des garanties financières pour couvrir toutes les obligations qui découleront de la directive (remise en état et suivi après exploitation). Dans la position commune, les États membres souhaitaient limiter cette obligation au site proprement dit, mais les députés veulent l'étendre à l'ensemble du terrain susceptible d'être affecté par les activités à venir. Pour les députés, il est nécessaire d'avoir un modèle de surveillance, de contrôle et de gestion de l'installation de gestion des déchets fermée qu'il soit financièrement possible de gérer après l'investissement initial de mise en place. En vue d’assurer la prévention ou la réduction des risques et de la production de déchets, les députés ont rétabli un amendement de première lecture visant à obliger l'exploitant à prendre et à justifier les décisions concernant les options/méthodes envisagées.
Le Parlement souhaite également faire appel aux Fonds structurels et à d’autres financements communautaires pour dresser des inventaires de sites abandonnés et mettre en œuvre des mesures de remise en état de ces installations. Il insiste pour que les États membres veillent à ce que les exploitants tiennent compte du principe de développement durable lorsqu’ils établissent leurs plans de gestion des déchets.