Le Parlement européen a approuvé le projet commun. Les principaux points de l'accord obtenu en procédure de conciliation peuvent se résumer comme suit:
- Questions de la pollution des eaux : l'accord obtenu demande aux États membres de veiller à ce que, lors du replacement des déchets d'extraction dans les trous d'excavation, les opérateurs prennent des mesures appropriées pour assurer le contrôle des déchets et du trou d'excavation. Lorsque des déchets d'extraction sont replacés dans des trous d'excavation destinés à être ultérieurement inondés, les opérateurs sont tenus de prendre les mesures qui s'imposent pour prévenir ou limiter la dégradation du statut hydrique et la pollution des sols et fournir aux autorités compétentes les informations nécessaires pour assurer le plein respect des obligations communautaires, notamment celles prévues par la directive-cadre sur l'eau.
- Garanties financières de la responsabilité des opérateurs : l’accord fait droit, pour l'essentiel, aux préoccupations du Parlement. Les garanties financières doivent être suffisantes pour couvrir le coût de la remise en état des terrains affectés par l'installation de gestion de déchets, ce qui comprend l'installation proprement dite, telle que décrite dans le plan de gestion des déchets. L'ampleur de la garantie est adaptée régulièrement en fonction des travaux de remise en état nécessaires.
- Portée : le texte clarifie les références aux déchets radioactifs de l'industrie extractive et à la législation éventuellement applicable selon le traité Euratom. Le considérant 30 a été substantiellement remanié afin de faire droit aux préoccupations du Parlement: ajout des installations abandonnées de gestion de déchets aux installations fermées faisant l'objet des inventaires des installations qui présentent, réellement ou potentiellement, une menace grave pour la santé humaine ou l'environnement; précision selon laquelle ces inventaires doivent constituer une base utile pour l'établissement d'un programme d'action approprié. Un nouveau considérant promeut l'intégration de considérations environnementales dans les autres politiques et activités communautaires afin de favoriser le développement durable. La définition du "traitement" des ressources minérales a été modifiée de façon à englober également la combustion du calcaire.
- Gestion des déchets et prévention de la pollution : l'accord renforce le développement durable et écologiquement sensible: l'importance de la prévention et de la limitation des déchets d'extraction (plutôt que d'un simple traitement, recyclage et élimination) est soulignée. D’autres amendements de fond clarifient le contenu des plans de gestion des déchets que les opérateurs sont tenus d'établir. Ainsi, la directive exige désormais que les plans de gestion comportent une étude de l'état initial du terrain affecté par l'installation de gestion, afin de servir de référence pour la remise en état du site après la fermeture de l'installation.
- Régime transitoire et pays en phase d'adhésion. Trois points ont été examinés: le régime transitoire pour les installations de gestion de déchets déjà exploitées, le délai de transposition de la directive et la question d'éventuelles dérogations aux dispositions de la directive pour les pays en phase d'adhésion. L'accord prévoit un régime transitoire plus strict que ne le prévoyait la Position Commune du Conseil. En outre, les États membres doivent veiller à ce que, à dater de l'entrée en vigueur de la directive, et nonobstant la fermeture d'une installation avant que la directive ne soit transposée, les déchets de l'industrie extractive soient gérés de façon à ne pas compromettre la réalisation des objectifs de la directive ou des exigences en matière d'environnement prescrites par d'autres textes de droit communautaire, y compris la directive-cadre sur l'eau. Les États membres ont deux ans pour transposer la directive en droit national.
La proposition de directive est accompagnée d'une déclaration interinstitutionnelle accueillant favorablement une déclaration commune de la Bulgarie et de la Roumanie. Cette déclaration commune des deux pays reconnaît "l'importance de la présente directive pour la protection de l'environnement en Europe" et souligne que les deux pays "s'engagent à accomplir tous les efforts nécessaires pour mettre en œuvre la directive dans les délais prescrits par ce texte". Elle affirme enfin leur "volonté politique forte d'engager toutes mesures nécessaires pour se conformer aux dispositions de la directive au même titre que les autres États membres".