Le Parlement européen a approuvé le projet commun. Les points saillants de l'accord intervenu en conciliation peuvent être résumés comme suit:
- Valeurs limites plus strictes pour les catégories des eaux de baignade : le Parlement a accepté l'adjonction d'une nouvelle catégorie (qualité "suffisante") pour les eaux de baignade à condition que les valeurs limites de cette catégorie soient relevées. Les valeurs limites convenues (pour les entérocoques intestinaux: 330 s'agissant des eaux intérieures et 185, des eaux côtières) constituent une réduction du risque sanitaire pour les baigneurs, celui-ci passant de 12% à environ 8%.
- Information et participation du public : le Conseil s'est prononcé en faveur d'une amélioration de la position commune en ce qui concerne l'information et la participation du public. Des informations actualisées sur la qualité des eaux des divers lieux de baignade seront disponibles sur Internet. Toutefois, ces informations seront également indiquées, au moyen de signes et de symboles clairs communs à l'ensemble de l'Union, sur les lieux de baignade eux-mêmes. Des citoyens mieux informés exerceront des pressions sur les États membres afin qu'ils se conforment aux dispositions de la nouvelle directive.
- Évolution épidémiologique : le Parlement européen et le Conseil sont convenus de demander à la Commission d'élaborer un rapport d'ici à 2008 examinant non seulement l'évolution scientifique et épidémiologique en liaison avec la qualité des eaux de baignade, mais également en ce qui concerne les virus.