La Commission aurait préféré que les entreprises ferroviaires soient obligées de fournir des informations sur les horaires ainsi que des billets directs sur l'ensemble du réseau ferroviaire européen, et que les gestionnaires de gare et les entreprises ferroviaires soient davantage sollicités en ce qui concerne l'assistance aux personnes à mobilité réduite, mais elle considère que la position commune adoptée à l'unanimité ne modifie pas les objectifs ni l'approche de sa proposition.
Sur les 122 amendements adoptés par le Parlement en première lecture, 63 ont été repris en totalité par le Conseil dans sa position commune, et 9 ont été repris en partie; sur ces amendement repris en totalité ou en partie par le Conseil, la Commission en avait rejeté 12 en totalité et 3 en partie. La position commune rejette 25 amendements en totalité et 4 en partie que la Commission avait acceptés. La position commune ne reprend pas 26 amendements en totalité et 3 en partie que la Commission avait également rejetés.
Le principal amendement du Parlement européen concernait l'extension du champ d'application aux voyages nationaux. D’autres amendements importants concernaient le régime de responsabilité, la révision des niveaux d'indemnisation et des conditions proposées en cas de retard ou d'annulation, et enfin une limitation des obligations incombant aux entreprises ferroviaires concernant la vente de billets et la fourniture d’informations sur les voyages pour tous les principaux services à l'intérieur de l'UE. La Commission a accepté en totalité 19, en principe 49 et en partie 16 des amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture. Elle en a rejeté complètement 38.