La commission a adopté le rapport de Georg JARZEMBOWSKI (PPE-DE, DE) modifiant la position commune du Conseil, en deuxième lecture dans le cadre de la procédure de codécision. Les députés européens de la commission ont réintroduit sous une forme modifiée plusieurs propositions adoptées par le Parlement en première lecture, qui avaient été rejetées par le Conseil.
En particulier, la commission a à nouveau plaidé pour une ouverture à la concurrence des réseaux ferroviaires non seulement pour les services internationaux de transport de voyageurs, comme convenu avec le Conseil, mais également pour tous les types de services de transport de voyageurs, ce que le Conseil n'avait pas été en mesure d'accepter. Elle a modifié la date butoir proposée par le Parlement en première lecture pour les services nationaux de transport de voyageurs (2012) à 2017. La commission a toutefois précisé que les Etats membres ayant adhéré à l'Union le 1er mai 2004 ou par la suite devraient être autorisés à repousser de cinq ans au maximum la date butoir de 2017 pour les services nationaux de transport de voyageurs, et elle a considéré que le rapport d'évaluation de la mise en œuvre de la directive devrait prendre en compte l'impact sur les petits pays de l'Union, qui risquent d'être particulièrement affectés par la libéralisation.
Les députés européens étaient opposés à certaines restrictions à l'accès proposées par le Conseil afin de protéger les services régionaux de transport de voyageurs, estimant que les services régionaux sont déjà suffisamment protégés par le nouvel article 10(3b) de la directive 91/440/CEE. Ils ont considéré que les Etats membres ne devraient pouvoir limiter l'accès aux services fournis en vertu d'un ou de plusieurs contrats de service public, y compris lorsque cette limitation aurait pour effet de restreindre le droit de prendre des voyageurs dans une gare et de les déposer dans une autre, que dans les cas où l'exercice du droit d'accès compromettrait la "viabilité économique" d'un contrat de service public. Ils se sont également opposés à la restriction supplémentaire de l'ouverture des réseaux introduite par le Conseil, en vertu de laquelle les nouveaux services librement accessibles et internationaux comportant des arrêts intermédiaires ne pourraient être utilisés pour prendre et déposer des voyageurs dans un même Etat membre. La commission a par conséquent rejeté les dispositions de la position commune précisant que le droit d'accès ne serait accordé qu'aux services internationaux dont "l'objet principal" est de transporter des voyageurs entre des gares situées dans différents Etats membres.
Les députés européens ont également stipulé que la redevance que les Etats membres pourraient être amenés à prélever sur les services de transport de voyageurs sur leur territoire, afin de contribuer au financement des obligations de service public, devrait être prélevée conformément aux principes "d'équité, de transparence, de non-discrimination et de proportionnalité".
Enfin, la commission a redemandé que l'application de la directive soit évaluée sur la base de deux rapports, à présenter respectivement avant le 31 décembre 2012 et pour le 1er janvier 2018, et non sur la base d'un seul rapport comme cela avait été proposé à l'origine. Dans le premier rapport, la Commission devrait analyser spécifiquement "l'état de préparation en rapport avec l'ouverture du marché des services nationaux de transport de voyageurs" et proposer, le cas échéant, de nouvelles mesures.