Le Parlement européen a adopté le rapport de codécision de Jerzy BUZEK (PPE-DE, PL) sur les actions de recherche la recherche, de développement technologique et les actions de démonstration (7ème Programme-cadre 2007/2013). En suivant la recommandation pour la deuxième lecture de la commission Industrie, la Plénière a adopté les compromis informels qui ont été négociés avec le Conseil. La position commune du Conseil reprenait déjà bon nombre des amendements adoptés par le Parlement en première lecture, en particulier ceux qui visaient à encourager la participation des petites et moyennes entreprises (PME), à valoriser la situation des jeunes chercheurs et chercheuses scientifiques et à gérer la recherche sur les cellules-souches. Les amendements de compromis adoptés en plénière portent sur d'autres aspects importants, notamment sur :
Les priorités du Parlement : sur le budget total (voir également la fiche financière), 32,413 milliards EUR selon le compromis (32,365 milliards selon la position commune) seront consacrés à dix domaines essentiels au titre du programme « Coopération » : i) Santé; ii) Alimentation, agriculture, pêche et biotechnologie; iii) Technologies de l’information et de la communication; iv) Nanosciences, nanotechnologies, matériaux et nouvelles technologies de production; v) Energie; vi) Environnement (changements climatiques inclus); vii) Transport (aéronautique comprise); viii) Sciences socioéconomiques et humaines; ix) Sécurité ; x) Espace. Les députés ont insisté pour que certaines dépenses soient réaffectées en fonction des priorités fixées par le Parlement, notamment la recherche sur les sources d'énergie renouvelables et l'efficacitéénergétique ainsi que le financement possible de recherches sur la santé infantile, la santé de la population vieillissante, les maladies respiratoires (y compris celles provoquées par les allergies), l’hépatite et les maladies négligées. Le texte adopté stipule que les énergies renouvelables et l'efficacité énergétique au stade de l'utilisation finale constitueront "l'essentiel" de la part du budget du 7ème PCR consacrée au thème de l'énergie, et non pas les deux tiers comme le demandait le Parlement européen en première lecture. Une attention particulière sera accordée dans le programme-cadre et dans d'autres politiques et programmes de l'UE à la coordination des questions liées à l'utilisation rationnelle et efficace de l'énergie. Dans le domaine de la sécurité, le texte précise que les exigences particulières en matière de confidentialité doivent être respectées, sans que cela n'affecte toutefois inutilement la transparence des résultats des recherches. Par ailleurs, il conviendra de recenser les domaines dans lesquels la transparence actuelle des résultats de la recherche est garantie.
Conseil européen de la recherche (CER) : un compromis a été trouvé au sujet du Conseil européen de la recherche. Il a été convenu que les coûts administratifs du CER ne devraient pas dépasser 5% deson budget total afin de maximiser le financement de la recherche (en première lecture, le Parlement avait réclamé un plafond de 3%). Quant à savoir dans quelle mesure le Parlement devrait être associé à une évaluation intermédiaire de la structure du CER, il a été convenu que le Parlement y participerait par le biais de la procédure de codécision si des modifications de la structure du CER s'avéraient nécessaires. Le compromis précise également que les membres du conseil scientifique seront nommés par la Commission au terme d'une procédure de désignation indépendante et transparente arrêtée d'un commun accord avec le conseil scientifique et comportant notamment la consultation de la communauté scientifique ainsi que la présentation d'un rapport au Parlement européen et au Conseil.
Mécanisme de financement du partage des risques : un compromis a également été trouvé pour le mécanisme de financement du partage des risques (MFPR), conçu pour encourager les prêts bancaires aux projets de recherche. A la différence du Conseil, qui avait prévu de prélever 1 milliard d'euros sur le programme-cadre pour financer le MFPR (auquel devait s'ajouter un montant équivalent venant de la Banque européenne d'investissement), le compromis prévoit une contribution moindre du 7ème Programme-cadre jusqu'en 2010 - à savoir 500 Mios EUR - assorti d'une possibilité de débloquer 500 millions supplémentaires après un processus d'évaluation auquel procèderont le Parlement et le Conseil en se fondant sur un rapport de la Commission.
Centre Commun de Recherche : celui-ci devra faciliter l'accès à ses infrastructures par les chercheurs européens et non européens, en particulier les scientifiques en début de carrière, de façon à renforcer sa coopération avec d'autres organisations de recherche publiques et privées, à améliorer sans cesse la qualité scientifique de ses propres activités et à contribuer de manière plus scientifique à la formation, qui restera une priorité élevée du CCR.
Institut européen de technologie : le Parlement a souligné dans une Déclaration sa ferme conviction qu'aucun crédit alloué au 7ème Programme-cadre ne devrait être utilisé pour couvrir les coûts de mise en place ou d'administration du futur Institut européen de technologie (IET). Seuls des coûts administratifs directement liés à des projets de recherche pourraient être couverts.