La Commission accepte chacun des 40 amendements proposés par le Parlement en deuxième lecture. Ces amendements concernent principalement le Conseil européen de la recherche, les sources d’énergie renouvelables et l’efficacité énergétique, la répartition budgétaire, l’instrument de financement avec partage des risques. Certaines autres modifications et la restructuration du contenu, principalement en ce qui concerne les thèmes du programme Coopération, ont également été approuvées. Ces amendements sont le résultat de discussions interinstitutionnelles qui ont fait apparaître un accord total de la Commission, du Parlement européen et du Conseil sur tous les points examinés. La Commission note également que les trois déclarations de sa part jointes en annexe sont des éléments du compromis final global qui a permis la conclusion de la procédure en 2ème lecture.